Blue Gender are loc într-un viitor nu prea îndepărtat, într-o lume în care lucrurile au mers teribil de prost pentru umanitate. Oamenii au fost înlocuiți în vârful lanțului trofic de Albastru, o rasă de extratereștri asemănătoare insectelor care au colonizat Pământul și au împins oamenii deoparte. O stație spațială, Second Earth, a fost construită ca un refugiu sigur pentru oameni, cu speranța că într-o zi va recupera Pământul încă o dată.
Yuji Kaido a fost înghețat criogenic, suferind de o boală cunoscută sub numele de celule B. Odată trezit, el se alătură unei echipe de soldați care au venit pe Pământ pentru a-l extrage. Din păcate, nimic nu merge conform planului în timp ce se întorc pe al doilea Pământ.
Yuji va trebui să se confrunte cu ororile de a duce un război sângeros, în timp ce el și luptătorii de pe Al doilea Pământ caută să supraviețuiască. Vor reuși ei să recâștige Pământul fără a-și pierde umanitatea?